Karl sieht sich nun der Gefahr gegenüber, dass Tassilo sich sowohl mit den Griechen, als auch mit den Awaren verbündet haben könnte. Mit beiden Völkern drohen heftige Kriege.
Die Baiern fürchten den Fluch der Kirche allerdings mehr, als die Folgen eines Treuebruchs ihrem Herzog gegenüber, und so finden sich viele, die Tassilo bereitwillig beschuldigen: der Herzog habe sich auf Betreiben seiner Gemahlin Liutperga, Tochter von Desiderius mit den Awaren verbündet. Außerdem soll er Vasallen des Königs eingeladen und ihnen dann nach dem Leben getrachtet haben. Er habe sein Volk aufgerufen Meineide zu schwören, wenn sie dem König Treue versprechen sollten. Nicht einmal auf das Schicksal seines eigenen Sohnes, der als Geisel unter den Franken lebte, habe er Rücksicht genommen: "und wenn er zehn Söhne hätte, er würde sie lieber zu Grunde gehen lassen, als sich an die Abmachungen zu halten".

Diese Anklagen reichen zwar, den Herzog auf die Reichsversammlung zu laden, und empfindlich zu bestrafen, nicht jedoch um ihn nachhaltig unschädlich zu machen.
Zum Tode verurteilt wird er schließlich von allen Anwesenden wegen harisliz, der Desertation von 763 unter Pippin.
Karl begnadigt den Herzog und verbannt ihn und seine gesamte Familie in verschiedene Klöster.
794 verzichtet Tassilo öffentlich auf seine Rechte. Wahrscheinlich starb er zwischen 794 und 797.